Les plantes travaillées

Notre plateforme travaille sur des plantes méditerranéennes à intérêt agronomique et sur l’espèce modèle Arabidopsis. Une partie de ces espèces sont dites récalcitrantes à la transformation (ou à la régénération) et nous cherchons à lever ces verrous.

Les plantes travaillées de façon continue sur la plateforme sont :

La tomate

La transformation génétique et le ciblage génique (mutagenèse ciblée par CRISPR/Cas9 classique ou base editing) se font en routine chez la tomate au sein de notre plateforme. On peut noter parmi les réalisations récentes, issues de ses travaux, l’inactivation ou la modification ciblée de facteurs de sensibilité aux virus (Kuroiwa et al., 2022 ; Kuroiwa et al., 2024)  mais aussi le développement d’une méthode permettant de conduire une édition ciblée sans intégration de transgène (Veillet et al., 2019).

Actuellement, ils permettent le développement de nombreux projets de recherche tels que DIVEDIT ou GARDENS.

Nous travaillons à améliorer la précision et l’efficacité des modifications apportées au niveau du génome : prime editing, test de nouveaux outils. Cette activité a été soutenue par le projet GENIUS (2012-2020) et actuellement par le projet TYPEX (2023-2028).

Le melon

Notre activité vise principalement à valider des gènes de résistance aux maladies et aux ravageurs. Si la régénération à partir d’explants est maîtrisée, la fréquence de transformation   via Agrobacterium tumefaciens reste aléatoire et l’insertion souvent instable dans les descendants de plantes transformées. Dans ce contexte l’obtention de plantes transformées reste difficile et nous travaillons donc à optimiser les processus d’édition en séparant les opérations de transformation des guides ciblant un gène et de la CAS9 pour les réunir dans des hybrides F1. Cette stratégie a déjà été un succès pour l’édition d’une série de gènes NLR regroupés en cluster.

Les prunus

L’édition des Prunus (genre des pruniers, pêchers, abricotiers,...) peut permettre d’accélérer son amélioration, notamment en apportant des traits de résistance aux pathogènes (maladie de la Sharka). En collaboration avec le laboratoire Chilien INIA La Platina dans le cadre du projet PEPR SVA TYPEX nous avons optimisé un protocole de régénération et de transformation via Agrobacterium tumefaciens et nous testons actuellement l’édition de gènes cibles.

Le piment

Nous explorons plusieurs approches pour mettre au point un protocole de transformation du piment efficace et reproductible en testant notamment différents modes de pénétration des transgènes dans les cellules ou l’expression de gènes clés dans les mécanismes de différentiation cellulaire sur la régénération.

Arabidopsis

Cette plante modèle est très utile pour valider en amont des stratégies ou réaliser des tests préliminaires avant leur application sur des plantes cultivées qui vont demander plus de temps et de travail. Sa transformation, très rapide, simplifiée et efficace est pratiquée en routine.