Fonctions - Thématique de Recherche

Généticien, je m’intéresse aux conséquences du processus de domestication sur la diversité génétique à l’échelle du génome, chez les espèces d’intérêt agronomique. Mes compétences reposent sur la génétique quantitative et la biologie moléculaire et ont évolué vers la génétique des populations et évolutive ainsi que la bio-informatique.

Au sein de l’équipe Qualitom (Qualité, Diversité et Environnement chez la tomate), j’utilise la tomate cultivée (Solanum lycopersicum) comme modèle d’étude pour (1) caractériser et valoriser les ressources génétiques ; (2) documenter les conséquences moléculaires de la domestication sur la diversité nucléotidique et l’expression des gènes et (3) identifier les déterminants génétiques de caractères d’intérêt agronomique par la génétique d’association afin (4) d’orienter les schémas de sélection et d’initier de nouvelles pistes telle que la sélection génomique.

Au cours de mon cursus, j'ai travaillé autant sur les modèles animaux (Mollusques et Salmonidés) que chez les plantes (Solanaceae). Mon parcours m'a mené de Lille (M2), vers La Rochelle (Thèse), Edimbourg (Thèse), Québec (Postdoc) et Avignon (Poste Actuel).

Collaborations

Aurélien Tellier, Université Technique de Munich, Allemagne 

Thomas Stadler, ETH de Zurich, Suisse 

Sylvain Glémin, Université de Montpellier 2, France 

Janejira Duangjit, Université Kasetsart, Bangkok, Thaïlande

Encadrement

Thèses :

Stéphanie Arnoux (2015-2018): Génomique comparée de la domestication chez 3 espèces de Solanacées

Elise Albert (2013-2017): Déterminants génétiques et génomiques de la réponse au déficit hydrique chez la tomate et impact sur la qualité des fruits.

Master 2 :

Coralie Picard (SupAgro Montpellier) – 2015 : Evaluation d’une stratégie de sélection génomique dans 3 dispositifs expérimentaux chez la tomate

Charlotte Aichholtz (SupAgro Rennes) – 2014 : Evolution moléculaire chez une espèce cultivée
–
Etude des processus à l’échelle du génome exprimé de la tomate

Morgane Roth (SupAgro Rennes) - 2013 : Recherche et validation de résistances génétiques au dépérissement bactérien causé par Pseudomonas syringae chez l’abricotier (Prunus armeniaca Linné)

Master 1 :

Francois-Xavier Babin (Université de Rouen) – 2015 : Mise en place d'un pipeline d'analyse de données NGS de transcriptomes pour l'étude des bases génétiques de l'adaptation des populations sauvages lors du processus de domestication chez le piment (Capsicum annuum)

Henri Desaint (SupAgro Montpellier, stage de césure) – 2015 : Caractérisation in silico de l’organisation du chromosome 5 chez la pomme de terre et étude comparée chez les solanancées.

Formation et Carrière

2011 – CR1 INRA, Avignon, France

2008 - 2011 Postdoctorat : Université Laval, Québec, Canada. Institut de Biologie Intégrative et des Systèmes, Laboratoire de L. Bernatchez 

-          Cartographie génétique et détection de QTL chez l’omble de fontaine, Salvelinus fontinalis, pour des caractères de croissance, reproduction et résistance aux maladies

-          Etude des modifications transcriptionnelles à l’échelle du génome induite par la domestication de l’omble de fontaine (Salvelinus fontinalis)

-          Recherche de traces de sélection au sein des génomes de 7 espèces de salmonidés

2004 – 2008 Doctorat : Université de la Rochelle, La Rochelle, France. Laboratoire de Génétique et Pathologie, Ifremer 

-          Développement de marqueurs moléculaires et cartographie de QTLs liés au phénomène de mortalité estivale et de résistance à l’herpès virus OsHV1 chez l’huitre creuse, Crassostrea gigas.

2003 – DEA (Diplôme d’Etudes Approfondies) option Biodiversité et Ecosystèmes Fossiles et Actuels, Université de Lille 1, Lille, France 

Publications sélectionnées

2017

Sauvage, C., Rau, A., Aichholtz, C., Chadoeuf, J., Sarah, G., Ruiz, M., Santoni, S., Causse, M., David, J. and Glémin, S. Domestication rewired gene expression and nucleotide diversity patterns in tomato, Accepted in Plant Journal.

Clément, Y., Sarah, G., Holtz, Y., Homa, F., Pointet, S. Contreras, C., Nabholz, B., Sabot, F., Sauné, L., Ardisson, M., Bacilieri, R., Khadari, B., LAnaud, C., Pot, D., Sauvage, C., Scarcelli, N., Tregear, J., Vigouroux, Y., Yahiaoui, N., Ruiz, M., Santoni, S., Labouisse, J-P; Pham, J-L., David, J. and Glémin, S. Evolutionary forces affecting synonymous variations in plant genomes, Accepted in PLoS Genetics

2016

Sarah G, Homa F, Pointet S, Contreras S, Sabot F, Nabholz B, Santoni S, Sauné L, Ardisson M, Chantret N, Sauvage C, Tregear J, Jourda C, Pot D, Vigouroux Y, Chair H, Scarcelli N, Billot C, Yahiaoui N, Bacilieri R, Khadari B, Boccara M, Barnaud A, Péros J-P, Labouisse J-P, Pham J-L, David J, Glémin S, Ruiz M. 2016. A large set of 26 new reference transcriptomes dedicated to comparative population genomics in crops and wild relatives. Molecular Ecology Resources: DOI: 10.1111/1755-0998.12587. Lien

Duangjit, J., Causse, M and Sauvage, C. (2016) Assessment of factor affecting genomic selection in a broad based population of tomato. Molecular Breeding 36:29. Lien

2015

Blanca, J., Monterau-Pau, J., Sauvage, C., Bauchet, G., Illa, E., Diez, M.J., Francais, D. Causse, M., van der Knaap, E. and Canizares, J. (2015) Genomic variation in tomato throughout domestication, from wild ancestors to contemporary accessions. BMC Genomics 16:257. Lien

2014

Sauvage, C., Segura, V., Bauchet, G., Stevens, R., Thi Do, P., Nikoloski, Z., Fernie, A.R., Causse, M. (2014) Genome Wide Association in tomato reveals 44 candidate loci for fruit metabolic traits. Plant Physiology 165: 1120-1132. Lien

2013

Chakrabarti, M., Zhang, N., Sauvage, C., Muños, S., Blanca, J., Cañizares, J., Diez, M.J., Schneider, R., Mazourek, M., McClead, J., Causse, M., van der Knaap, E. (2013) A cytochrome P450 regulates a domestication trait in cultivated tomato. P.N.A.S: Proceedings of the National American Society 110(42): 17125-30. Lien

2012

Sauvage, C.,Vagner, M.,Derôme, N., Audet, C., and Bernatchez, L. (2012a) Coding gene SNP mapping and QTL detection for physiological reproductive traits in brook charr, Salvelinus fontinalis. Genes | Genomes | Genetics (Bethesda) 2: 379-392. Lien

Sauvage, C.,Vagner, M.,Derôme, N., Audet, C., and Bernatchez, L. (2012b) Coding gene SNP mapping reveals QTL linked to growth and stress response in brook charr (Salvelinus fontinalis). (In Press) Genes | Genomes | Genetics. Lien

Lamaze, F., Sauvage, C., Marie, A., Garant, D., and Bernatchez, L. (2012) Dynamics of introgressive hybridization assessed by SNP population genomics of coding genes in stocked brook charr (Salvelinus fontinalis) Molecular Ecology 21(12): 2877-2895. Lien

2010

Sauvage, C., Derôme, N.,Normandeau, E., St-Cyr, J., Audet, C. (2010) Fast transcriptional responses to domestication in the brook charr Salvelinus fontinalis. Genetics 185:105-112. Lien

Publications/chapitres/poster

Liens vers l’ensemble des publications :

ProdINRA

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