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Fonctions - Thématique de Recherche

Technicien en charge des expérimentations de biologie moléculaire au sein de l'équipe de recherche "Diversité, Qualité et Environnement chez la Tomate", mes missions s'intègrent dans deux axes de recherches :

1. la caractérisation des ressources génétiques pour évaluer la diversité phénotypique et moléculaire
2. l'analyse des mécanismes génétiques et physiologiques qui déterminent les composantes de la qualité du fruit

Formation et Carrière

Formation :

- BTSA Analyses Agricoles Biologiques et Biotechnologiques (Lyon; 2000)

Carrière :

- 2001-2002 (EUROFINS SCIENTIFIC; Alfortville) :

Recherche et analyse de pathogènes en microbiologie alimentaire ; détection de "prion" dans des cortexs cérébraux de bovins (travail en laboratoire de niveau P3)

- 2002-2007 (PASTEUR-CERBA; St Ouen L'Aumône) :

Analyses biochimiques et microbiologiques de santé humaine (dépistage virologique, recherche de marqueurs biologiques, dosage de médicaments, hémostase …)

- 2007-2012 (HOPITAL PAUL BROUSSE, APHP; Villejuif) :

Diagnostic et recherche en microbiologie hospitalière (suivi de patients HIV, virus des hépatites sur greffon de foies, virologie pédiatrique) : biologie moléculaire et cellulaire

- depuis 2012 : INRA PACA, site Avignon - Unité GAFL, équipe QUALITOM

Technicien de recherche en biologie moléculaire et bioanalyse

Domaines de compétences :

Biologie Moléculaire :

• Préparation de librairies pour séquençage haut débit de génomes (HTS) et de transcriptomes (RNA-Seq)
• Extraction des acides nucléiques (ADN/ARN) et dosages relatifs :
  •  Bioanalyzer 2100 (Electrophorèse à capillaires)
  • Qubit 3.0 (Fluorimètre)
• Caractérisation des produits géniques d'intérêt :
  • analyse d'expression par RT- QPCR
  • génotypage : SNP (Single Nucleotide Polymorphism), SSR (Simple Sequence Repeats)
  • séquençage capillaire (Méthode Sanger)
  • Long Range PCR
• Clonage Gateway pour surexpression de gènes via RNAi (culture et transformation d'E. coli par choc thermique)

Bioanalyse :

• Analyse bioinformatique de séquences génomiques et transcriptomiques via utilisation de logiciel dédiés (CLC Genomics Workbench, GALAXY) : contrôle qualité de séquences brutes provenant de HTS, nettoyage des données, alignement sur génome de référence, recherche de variants, création de workflows
• Dessin d'amorces, recherche d'homologies de séquences (BLAST), alignement de séquences multiples, analyse de données de type "puce SNP" (Genome Studio), analyse de marqueurs moléculaires de type "microsatellite" (Gene Mapper)

Autres :

• Gestion de salles techniques sur la plate-forme de biologie moléculaire
• Responsable de la gestion des stocks et des commandes pour le bâtiment CPER
• Correspondant de l'Assurance Qualité Recherche entre mon équipe et la cellule AQR de l'unité
• Veille technologique des méthodes et appareillages de biologie moléculaire
• Encadrement d'étudiants et de partenaires extérieurs