9 mois de CDD ingénieur en bioinformatique au GAFL d'Avignon (France)

La domestication des plantes peut être considérée comme une étape précoce dans la divergence de lignées évoluant indépendamment, généralement soumises à une forte sélection, au moins dans le pool cultivé. Par conséquent, l'isolement reproductif entre les plantes sauvages et les plantes domestiquées peut avoir évolué en produisant des descendances hybrides potentiellement moins adaptées lorsqu'elles sont croisées.

Le projet DomIsol financé par l'ANR (PIs : Maud Tenaillon GQE-Le Moulon, Catherine Dogimont GAFL, Yves Vigouroux IRD et Sylvain Glémin ECOBIO) vise à caractériser la divergence génomique et phénotypique entre les espèces cultivées et leurs parents sauvages et à déduire l'étendue de l'isolement reproductif dans 14 systèmes. Dans un petit groupe d'espèces, nous étudierons plus précisément les bases génétiques et l'évolution de l'isolement reproductif postzygotique. Les profils d'expression génétique seront comparés entre les parents et les hybrides F1, et les changements transcriptionnels dans les croisements réciproques seront étudiés.

L'ingénieur analysera les données RNAseq provenant de pools sauvages et domestiques et d'hybrides F1 de melon. Les données RNAseq et l'expression différentielle des gènes entre les parents seront disponibles au début du projet.

L'ingénieur aura accès au serveur Linux de l'unité GAFL et aux plateformes de calculs HPC d’INRAE. L'ingénieur sera intégré dans l'équipe Informatique-Bioinformatique-Biostatistique (I2B). La maîtrise de l'environnement Linux et de Bash, l'utilisation et l'interprétation des logiciels d'analyse bioinformatique sont nécessaires. En outre, une connaissance de base des outils de conteneurisation (Singularity) et de gestion de workflow (Snakemake, Nextflow) serait un atout. La connaissance et/ou la pratique de clusters informatiques serait appréciée.

Le projet se déroulera au sein de l’unité Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL) de l'INRAE à Avignon, dont les recherches portent sur la diversité génétique des espèces légumières et fruitières méditerranéennes et leur capacité à s'adapter au changement climatique et à résister aux ravageurs et aux maladies. L'ingénieur(e) bénéficiera des compétences et des compétences locales disponibles dans l'unité et de collaborations étroites avec les 4 partenaires impliqués dans le projet DomIsol.

Les candidats doivent posséder un master 2 en bio-informatique et des compétences en statistiques.

Annonce publiée le : 2 juin 2025

Date de début : Septembre 2025

Salaire: Temps plein (35h/semaine), selon grille salariale INRAE, €2245 brut/mois

Merci d’envoyer votre CV et une lettre de motivation à :

catherine.dogimont@inrae.fr ; jacques.lagnel@inrae.fr

GAFL, https://gafl.paca.hub.inrae.fr/