Des marqueurs associés à la réponse aux stress biotiques et aux interactions GxE

Horticulture research, 2025, 12 (7), 10.1093/hr/uhaf088

Cibler l'immunité comme objectif de sélection est essentiel pour parvenir à une production fruitière durable, mais nécessite néanmoins de prendre en compte les interactions génotype-environnement (GxE), qui représentent encore un défi majeur. Pour résoudre ce problème, nous avons cherché à identifier les marqueurs génétiques ayant des effets sur la réponse aux ravageurs et aux maladies chez le pêcher (P. persica) et l'abricot (P. armeniaca). En tirant parti des essais multi-environnementaux (MET), nous avons évalué l'architecture génétique de la résistance et de la tolérance à 7 ravageurs et maladies majeurs grâce à une notation visuelle des symptômes au cours des années dans des collections soumises à un inoculum naturel. Nous avons appliqué une série de modèles d'association (GWAS) aux notations de symptômes maximaux et à la progression cinétique de la maladie. Ces analyses ont conduit à l'identification de QTL partagés selon les environnements, de QTL spécifiques à certains environnements et de QTL interactifs avec des effets antagonistes ou différentiels entre les environnements. Nous avons cartographié 60 QTL de confiance élevée englobant un total de 87 gènes candidats impliqués dans les réponses basales et spécifiques à l'hôte, consistant principalement dans la famille de gènes des récepteurs contenant des répétitions riches en leucine (LRR-CR). Les gènes candidats à la résistance aux maladies les plus prometteurs ont été trouvés pour la cloque du pêcher sur LG4 et pour la rouille de l'abricot et du pêcher sur LG2 et LG4. Ces résultats soulignent le rôle essentiel des interactions GxE dans la réponse phénotypique à la pression biotique. Enfin, les modèles incluant les effets de dominance ont révélé 123 QTL spécifiques, soulignant l'importance des effets génétiques non additifs, et justifient donc des recherches plus approfondies. Ces connaissances soutiendront le développement de la sélection assistée par marqueurs pour améliorer l’immunité des variétés de Prunus dans diverses conditions environnementales.