Offre de thèse - ReGeNeR : Mieux cibler la Résilience variétale grâce au phénotypage digital et à la sélection GéNomique chez les Prunus

La résilience apparait comme un nouvel objectif de sélection pour faire face aux enjeux de
durabilité et de soutenabilité de la filière arboricole. Accéder à résilience nécessite d’étudier
des « biomarqueurs » reflétant l’état de l’arbre au cours du temps, et caractérisant les impacts
causés par les bioagresseurs. Le but de ce projet est d’identifier ces biomarqueurs chez les
fruitiers, de les transformer grâce à des indicateurs en variables de résilience, et de les
employer en prédiction génomique. Il s’agira d’abord d’alimenter une base de données de
caractérisation des sensibilités aux bioagresseurs observés sur des core-collections
d’abricotier et de pêcher menées en conditions de bas-intrants phytosanitaires à travers
différents sites. Ce suivi permettra de tester différents biomarqueurs (croissance et
production) en ayant recours à des outils de mesures innovants tels que les dendromètres et
l’imagerie par drone, et de mettre en place les méthodes d’analyse adaptées pour leur étude,
notamment par les statistiques fonctionnelles. Les différentes variables de résilience seront
exploitées individuellement ou conjointement en prédiction génomique, en utilisant des
modèles multitrait et multienvironnement. La sélection phénomique sera également
explorée. Les résultats de prédiction seront complétés par une analyse des schémas de
sélection chez les deux espèces pour identifier la meilleure méthode permettant de
sélectionner rapidement la résilience en préservant la diversité génétique sur le long terme.
Ce travail de thèse contribuera à mieux armer les sélectionneurs pour répondre aux évolutions
de la législation européenne en matière de certification variétale.

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