Une équipe internationale dévoile le pangénome et le panphénome de l'aubergine

Contexte / enjeux :

L’aubergine (Solanum melongena) est un légume-clé de la Méditerranée et d’Asie du Sud-Est, apprécié pour sa chair savoureuse et ses fruits colorés. Pourtant, sa diversité génétique et phénotypique restait mal caractérisée, limitant l’amélioration variétale face aux maladies comme la fusariose ou aux variations environnementales (OS.1.2). Identifier les gènes responsables de traits majeurs est essentiel pour développer des variétés plus productives, résistantes aux maladies et adaptées à différents contextes agricoles (OS.1.3).

Résultats :

L’étude d’une collection mondiale de 3400 accessions et de leurs ancêtres sauvages a permis de retracer l’histoire de la domestication et de l’expansion mondiale de l’aubergine. Le séquençage de 368 accessions représentatives de la diversité génétique et phénotypique mondiale a conduit à la construction d’un pangénome graphique complet, révélant 16300 familles de gènes essentielles et 4000 familles facultatives. L’évaluation de 218 caractères — agronomiques, résistances aux stress (a)biotiques et composition métabolique des fruits — sur trois sites expérimentaux (Espagne, Italie, Turquie) a permis d’identifier des gènes candidats déterminant des traits agronomiques d’intérêt : LOG3 pour la formation des épines, RPP13 et AHL pour la résistance à la fusariose, et GDSL-lipase pour le métabolisme de l’acide chlorogénique.

Perspectives :

Ces données fournissent une vue d’ensemble de la diversité génétique et phénotypique de l’aubergine et de ses ancêtres sauvages. Elles permettront d’explorer les interactions gène-environnement et de prédire les traits d’intérêt pour différentes conditions de culture. Ces informations ouvrent la voie à des programmes de sélection plus ciblés, visant à produire des variétés résistantes aux maladies, adaptées à divers climats et présentant des qualités nutritionnelles optimisées.

Valorisation :

Cette étude a été réalisée dans le cadre des projets européens G2P-SOL (Horizon 2020 Research and Innovation Program, project « Linking genetic resources, genomes, and phenotypes of Solanaceous crops », n. 677379) et PRO-GRACE (Horizon Europe Program, project “Promoting Plant Genetic Resource Community for Europe”, n. 101094738). Les accessions sont accessibles via un Standard Material Transfer Agreement (SMTA), favorisant un partage équitable des ressources génétiques. Les données de séquençage et les assemblages génomiques générés dans le cadre de cette étude ont été déposés dans les bases de données NCBI et ENA, afin de faciliter la collaboration entre chercheurs, semenciers et producteurs. Ces résultats constituent des ressources de référence pour la recherche et l’innovation variétale.

La publication est accessible via https://hal.science/hal-01462645