Séquençage sélectif par Nanopore pour identifier la famille de gènes NLR dans le melon (Cucumis melo L.)

BMC Genomics 26, 126 (2025). https://doi.org/10.1186/s12864-025-11295-5

Le séquençage sélectif par nanopore offre une approche prometteuse pour évaluer la diversité génétique dans des régions génomiques ciblées. Ici, nous avons conçu et validé une expérience visant à enrichir un ensemble de gènes de résistance dans plusieurs cultivars de melon comme preuve de concept.

En utilisant la même référence pour guider l'acceptation ou le rejet des lectures avec le séquençage sélectif par nanopore, nous avons reconstruit avec succès et précision les 15 régions dans deux génomes de ssp. melo nouvellement assemblés et dans un troisième cultivar de ssp. agrestis. Nous avons obtenu un enrichissement quadruple quel que soit l'échantillon testé, mais avec quelques variations selon les régions enrichies. La précision de notre assemblage a été confirmée par PCR dans le cultivar agrestis.

Dans l'ensemble, nous avons démontré que Le séquençage sélectif par nanopore est une approche simple et efficace pour explorer des régions génomiques complexes, telles que les amas de gènes de résistance de type NLR. Ces régions sont caractérisées par un nombre élevé de variations du nombre de copies, de polymorphismes de présence-absence et d'éléments répétitifs. Ces caractéristiques rendent difficile un assemblage précis, mais il est crucial de les étudier en raison de leur rôle central dans l'immunité des plantes et la résistance aux maladies. Cette approche facilite la caractérisation des gènes de résistance chez un grand nombre d'individus, ce qui est nécessaire pour sélectionner de nouveaux cultivars adaptés à la transition agroécologique.