Soutenance de thèse Clotilde Nigon

Le mardi 20 octobre à 9h00.  

Clotilde Nigon présentera les travaux réalisés dans le cadre de saa thèse, intitulée « yaduTaph : mobiliser le levier génétique pour lutter contre Taphrina deformans, le champignon responsable de la cloque du pêcher », devant un jury composé de :

• Mr. Alexandre Degrave, Maître de conférences, Institut Agro-Angers Rennes (Rapporteur)
• Mr. Komlan Avia, Chargé de recherche, INRAE Colmar (Rapporteur)
• Mme. Cindy Morris, Directrice de recherche, INRAE Avignon (Examinatrice)
• Mr. Andrea Patocchi, Head of Fruit Breeding Group, Agroscope Suisse (Examinateur)
• Mme. Bénédicte Quilot, Directrice de recherche, INRAE Avignon (Directrice de thèse)
• Mme. Morgane Roth, Chargée de Recherche, INRAE Avignon (Co-encadrante de thèse)

La soutenance se déroulera à l’amphithéâtre du cœur de centre à INRAE Avignon. Pour celles et ceux qui ne pourront pas être présents sur place, une participation en visioconférence sera possible. La soutenance sera suivie d’un pot sur place, auquel vous êtes bien sûr également conviés.

Adresse complète : Amphithéâtre Provence - INRAE Centre de Recherche Provence-Alpes-Côte d'Azur Domaine Saint Paul 228 route de l'Aérodrome Site Agroparc - CS 40509 84914 Avignon Cedex 9.

Lien visioconférence : https://visio.numerique.gouv.fr/dto-sbjs-wwy.

Résumé de thèse :

Sous la pression des attentes sociétales et environnementales, la filière fruitière doit réduire drastiquement le recours aux traitements phytosanitaires dans les vergers. Cependant, la majorité des variétés cultivées sont sensibles à de nombreux ravageurs et maladies qui compromettent la production de fruits, voire la survie des vergers. En l’absence de solutions alternatives efficaces, la réduction des pesticides entrainerait une diminution des rendements et ferait peser un risque réel sur la pérennité de la production fruitière.

Bien connue des arboriculteurs, la cloque est l’une des maladies majeures du pêcher (Prunus persica). Aujourd’hui les traitements à base de cuivre ou de synthèse sont efficaces et empêchent les infections dans les vergers. Toutefois, la production de pêches est menacée par les restrictions prévues par les instances nationales et européennes sur ces traitements, dont le cuivre. En effet, au printemps, les feuilles infectées par le champignon responsable de la cloque du pêcher, Taphrina deformans, se déforment, nécrosent puis chutent, réduisant le potentiel de production de fruits de l’année. D’année en année, les défoliations successives conduisent à l’affaiblissement, voire à la mort des arbres. Cependant, parmi la diversité génétique des pêchers, quelques variétés moins sensibles sont notoirement connues. Dans le but d’explorer le levier variétal comme solution alternative à la lutte chimique contre la cloque du pêcher, l’objectif principal de ma thèse est de décrypter le déterminisme génétique de la résistance à la cloque du pêcher. Pour ce faire, un ensemble de populations issues de croisements dirigés et une core-collection de pêchers sont conduits sans traitements fongiques sur plusieurs années. Au printemps, les vergers sont observés régulièrement pour caractériser l’évolution de la maladie par infection naturelle. Ces observations associées à des données de génotypage ont permis de réaliser des analyses de liaison et d’association pour détecter les zones du génome portant des facteurs de résistance. Comme attendu, aucun gène conférant une résistance totale n’a été détecté au sein des accessions de pêcher (Prunus persica et espèces apparentées). En revanche, une dizaine de facteurs de résistance ont été identifiés, répartis sur différents chromosomes et issus de fonds génétiques distinctes. Ces résultats sont encourageants et ouvrent la voie au pyramidage de plusieurs facteurs de résistance dans de futures variétés de pêcher, afin d’accroître le niveau de résistance et sa durabilité. Dans cette perspective, des essais de validation seront nécessaires ainsi qu’une réflexion sur les schémas de sélection les plus adaptés pour mettre en œuvre ce pyramidage de manière rapide et efficace.

Parce qu’il est rapidement apparu que certains aspects du pathosystème cloque-pêcher étaient encore peu documentés, voire largement inexplorés, alors même qu’ils sont indispensables à la compréhension de ce pathosystème et à l’élaboration de stratégies de gestion alternatives, plusieurs axes de recherche complémentaires sont venus enrichir mes travaux de thèse. Dans un premier temps, une revue de littérature a rassemblé les connaissances sur ce pathosystème et mis en évidence les lacunes limitant la recherche de solutions alternatives aux produits phytosanitaires. Puis, une étude de la diversité génétique de l’agent pathogène a permis de caractériser pour la première fois la variabilité de Taphrina deformans dans les vergers de France et du monde. Enfin, un suivi épidémiologique par quantification de l’ADN de T. deformans a confirmé la présence du champignon dans les bourgeons et les feuilles tout au long de l’année, chez des arbres sensibles comme résistants à la cloque. Ce profilage inédit de la dynamique du pathogène a permis de mieux caractériser les différences de comportement des variétés sensibles et résistantes. Ces deux axes, en complément des connaissances acquises sur les différents facteurs de résistance, serviront à alimenter la réflexion sur la gestion de la durabilité des résistances à la cloque qui seront déployées à l’avenir dans nos vergers.