Réduire l’emploi des pesticides, une demande sociétale et environnementale Il y a une pression croissante de la part de la société civile et des décideurs politiques pour réduire considérablement l'apport de produits chimiques de synthèse dans la production agricole. Ainsi en 2019, 89% des français souhaitaient une interdiction totale des pesticides d’ici 2024 (sondage IFOP), tandis que 43% se déclaraient inquiets sur les résidus de pesticides des fruits (baromètre Interfel). Les projets nationaux ECOPHYTO et ECOPHYTO II ne sont pas parvenus à réduire de manière significative l’emploi des produits phytosanitaires sur la durée (Hossard et al., 2017). Les fruitiers n’échappent pas à ce constat, avec des indices de fréquence de traitement demeurant élevés, allant jusqu’à 22 en PACA sur le pêcher en 2018 (Agreste). Appliquer des pesticides à base de cuivre de façon répétée, principale source de pollution cuprique des sols agricoles Le cuivre est traditionnellement utilisé en agriculture pour prévenir ou traiter certaines maladies fongiques et bactériennes des arbres fruitiers, de la vigne ou des productions légumières. Il constitue la seule matière active à effet fongicide fort et gamme d’action large homologuée en AB. Or des effets environnementaux délétères du cuivre ont été mis en évidence, notamment sur les organismes du sol et les auxiliaires des cultures, et des effets phytotoxiques sont reconnus sur la croissance et le développement de la plupart des plantes. Fin 2018, la Commission européenne a renouvelé l’approbation du cuivre en tant que substance phytopharmaceutique pour une durée de 7 ans, assortie d’une limitation des quantités utilisables de 28 kg/ha sur 7 ans au maximum. L’expertise scientifique collective INRAE « Peut-on se passer de cuivre en agriculture biologique ? » (Expertise Cuivre 2018) dresse un panorama complet et scientifiquement fondé des usages, des alternatives disponibles, de leurs limites actuelles et des situations critiques du point de vue de son utilisation. L’État souhaite encourager cette transition et susciter la mobilisation de tous les acteurs des filières agricoles concernées pour réduire les usages de cuivre (Feuille de route pour la réduction de l’utilisation du cuivre en agriculture). Contrôler la cloque du pêcher, un défi oublié qui redevient un enjeu primordial Chez le pêcher, les fongicides constituent le nombre de traitements le plus élevé et ceux appliqués pour lutter contre la cloque sont majoritaires (8 IFT cloque / 17 IFT fongicides et 24.2 IFT total, Essai EcoPêche 2016, Plenet et al., 2017). Après 10 ans d’essais sur Ecopêche 2 (Ecophyto Expé 2019 - 2023) à l’UERI de Gotheron les seuls traitements générant des IFT hors biocontrôle sur les systèmes économes en intrant sont les traitements contre la cloque. La cloque est une maladie fongique causée par le champignon Taphrina deformans. Si elle n'est pas contrôlée, elle peut détruire les pousses du printemps, conduire à l’affaiblissement de l'arbre et provoquer des pertes de récolte. Sur plusieurs années, elle peut entraîner la mort de l'arbre, et ce d’autant plus vite que l’arbre est attaqué jeune. Aussi, une protection chimique préventive (quasi) systématique est appliquée (<a href="https://www.actu-environnement.com/media/pdf/news-25213-guide-ecophyto-fruits-methodologie.pdf">Guide méthodologique Ecophyto Fruits</a>), limitée à l’utilisation du cuivre en AB. Les perspectives de retrait de molécules et de limitation de l’utilisation du cuivre mettent la filière en péril. Les moyens de protection autres que la lutte chimique peuvent être de différente nature (Regnault-Roger C., Fabres Gérard, 2005) : contrôle génétique, systèmes de culture adaptés, lutte physique, lutte biologique et produits de biocontrôle. Or, de tels leviers d’action alternatifs ne sont pas suffisants pour lutter contre la cloque du pêcher. Aussi, beaucoup d’espoirs cristallisent autour du levier génétique, comme le suggèrent les conclusions majeures de l’Expertise Cuivre (2018) selon lesquelles la résistance/tolérance variétale est indispensable à tout système de protection sans cuivre. Développer des variétés très peu sensibles à la cloque, grâce à la diversité génétique Les acteurs de la filière (CTIFL, GRAB, Stations expérimentales, …) évaluent les variétés pour leur résistance à la cloque depuis deux décennies, et dressent des listes de variétés très sensibles et peu sensibles pour le conseil aux producteurs. Cette variabilité peut provenir de la précocité de la variété ou de ses caractères génétiques. Mais aucune variété résistante (absence complète de symptômes, ou petites nécroses témoignant de mécanismes d’hypersensibilité conférant une résistance complète) n’a été identifiée, ce qui suggère l’existence de résistances/tolérances partielles seulement, à déterminisme génétique complexe (nombreux loci ou QTL a effets faibles) et induisant un ralentissement plutôt qu’une absence de développement épidémique. Exerçant une pression de sélection moindre sur le pathogène, les résistances partielles sont supposées plus durables. De plus, le pyramidage, ou association de plusieurs facteurs de résistance au sein d’une même variété, est susceptible d’augmenter la durabilité de la résistance, en rendant le contournement plus difficile. Aussi l’identification de facteurs de résistance/tolérance partielle complémentaires et leur association dans une variété pourrait permettre d’augmenter le niveau de résistance tout en garantissant sa durabilité (Pilet-Nayel et al., 2017). En parallèle de l’effort de caractérisation des variétés cultivées, la diversité génétique disponible dans les collections (variétés anciennes, locales, exotiques…) est une ressource trop peu caractérisée et exploitée. De même, les espèces sauvages proches des espèces cultivées peuvent constituer un réservoir important et inédit de gènes de résistance (Dempewolf et al., 2017; Migicovsky & Myles, 2017). Enfin, les Prunus présentent un niveau de synténie important et les hybridations entre espèces sont possibles, ce qui permet de valoriser de très larges ressources génétiques. |
La cloque, une maladie commune mais peu étudiée Il existe 70 bioagresseurs des Prunus et seulement peu de pathosystèmes sont scrutés à la loupe (revu dans Aranzana et al 2019). Des mécanismes de résistance ont pu être identifiés par exemple pour le puceron, l’oïdium, les nématodes à galles, les tâches bactériennes et les monilioses chez le pêcher (Sauge et al., 2012; Yang et al., 2013; Lambert et al., 2016; Pascal et al., 2017; Esmenjaud et al., 2019; Duval et al., 2022), mais les sources de résistances sont rares dans le pool cultivé. L’unique publication rapportant une analyse génétique de la résistance à la cloque est une étude préliminaire publiée dans un acte de colloque en 1998 et issue d’un croisement interspécifique réalisé à INRAE d’Avignon (Viruel et al., 1998). Quelques travaux plus récents ont porté sur la comparaison de feuilles saines et infectées d’un point de vue anatomique (Giordani et al., 2013), biochimique (Koleva-Valkova et al., 2017; Moscatello et al., 2017), protéomique (Goldy et al., 2017; Butassi et al., 2022), métabolomique et transcriptomique (Svetaz et al., 2017) et le développement de tests moléculaires pour détecter la maladie (Tavares et al., 2004; Mikhailova et al., 2020). Ainsi les avancées scientifiques sont peu nombreuses et sporadiques, probablement pour trois raisons : i) il n’y a sans doute pas de gène majeur de résistance à la cloque dans les ressources génétiques connues du pêcher ; ii) la culture du champignon sur milieu artificiel n’était pas maitrisée, ce qui a limité les études de pathologie et empêché de réaliser des infections contrôlées et de cribler le matériel végétal existant. Le phénotypage se fait encore très largement en conditions naturelles sur des arbres non traités, au risque de mettre en péril la survie des arbres ; iii) les notations en conditions naturelles sont quantitatives et très dépendantes de facteurs multiples : météo, pression d’inoculum, phénologie, date d’observation… Une série de travaux a justement porté sur l’influence des facteurs climatiques sur le développement des infections ((Rossi & Languasco, 2007; Rossi et al., 2006, 2007b,a) et a permis d’adapter (Thomidis et al., 2010) un modèle ancien de prévision du risque cloque (Safran & Levy, 1995; Giosuè et al., 2000) malheureusement peu satisfaisants. Maitriser l’infection contrôlée : lever le principal verrou au criblage du matériel végétal Une équipe d’Argentine a récemment publié deux études notables (Svetaz et al., 2017; Butassi et al., 2022) mettant en œuvre des infections contrôlées sur feuilles détachées par une suspension de blastospores obtenue à partir de cultures du champignon sur un milieu peu commun (yeast malt agar YMA). La souche utilisée provient d’une collection portuguaise (PYCC 5894, Portuguese Yeast Culture Collection, Lisbon, Portugal ; https://pycc.bio-aware.com/). C’est une avancée remarquable qui va permettre de s’affranchir des conditions climatiques et de la pression naturelle de l’inoculum en verger pour cribler de façon systématique et répétable une large gamme de matériel, y compris les arbres maintenus sous tunnels et de jeunes arbres, sans mettre en péril leur conservation. On pourra également envisager des infections contrôlées en verger de façon à estimer le temps de latence entre infection et observation des premiers symptômes foliaires. Tirer parti de l’ensemble du matériel végétal disponible La génétique d’association permet d’identifier avec une bonne résolution des QTLs pour des caractères simples à moyennement complexes grâce à des panels optimisés de large diversité génétique (core-collections). Cette approche est répandue chez les espèces majeures mais à notre connaissance, seules deux études GWAS ont porté sur la résistance aux maladies chez les Prunus, l’une sur le chancre bactérien de l’abricotier (Omrani et al., 2019) et l’autre sur la moniliose du pêcher (Fu et al., 2021). Si la génétique d’association permet d’appréhender la diversité des core-collections et de bénéficier de nombreux évènements de recombinaison, les analyses de liaison en populations biparentales restent une méthode efficace pour valoriser les facteurs de résistance d’un parent déjà identifié comme peu sensible. La puissance de la méthode est d‘autant plus grande que le nombre d’individus est élevé. Les collections de variétés récentes évaluées sur plusieurs années par les stations expérimentales fruitières permettent quant à elles d’une part d’identifier des sources potentielles de facteurs de résistance (géniteurs des programmes de prébreeding) et d’autre part de tester les marqueurs moléculaires développés pour la sélection assistée par marqueurs (SAM) sur le pool cultivé. Les hybrides créés dans le cadre du programme INRAE de prébreeding, issus de croisements entre plusieurs géniteurs peu sensibles, sont également un matériel de choix pour valider les marqueurs de SAM. Dans un cas où l’architecture des facteurs de résistance est complexe, comme suspecté pour la cloque, la sélection génomique peut être une alternative efficace à la SAM. Quelques travaux préliminaires ont exploré cette stratégie et ont montré la faisabilité de la prédiction génomique chez les Prunus (Wanfang et al., 2022; Nsibi et al., 2018; Biscarini et al., 2017). Enfin, l’observation inédite de symptômes de cloque sur abricotier ces dernières années engendre un questionnement important : la cloque est-elle une maladie émergente de l’abricotier ? |
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