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Cells 2021, 10(11), 3080 - https://www.mdpi.com/2073-4409/10/11/3080

Les variétés résistantes aux virus permettent d'éviter les pertes de rendement dues à l'infection par de nombreux types de virus. Le défi est de détecter les donneurs de résistance au sein de la diversité des espèces végétales, puis d'introduire rapidement des allèles conférant une résistance dans les fonds génétiques d'élite. Jusqu'à présent, des résistances principalement monogéniques aux effets majeurs ont été introduites dans les espèces cultivées. Les résistances polygéniques sont plus difficiles à cartographier et à introduire dans les fonds génétiques sensibles, mais elles sont probablement plus durables. Les études d'association à l'échelle du génome (GWAS) offrent une opportunité d'accélérer la cartographie des résistances monogéniques et polygéniques, mais ont rarement été mises en œuvre dans le contexte de l'interaction plante-virus. Pourtant, les 48 GWAS concernant la résistance aux virus publiées à ce jour ont cartographié avec succès des QTL. Dans cette revue, nous avons analysé les problèmes généraux et spécifiques de la stratégie GWAS pour la résistance aux virus des plantes. Nous avons identifié et décrit plusieurs étapes clés tout au long d’un pipeline type de GWAS, du choix du panel d’accessions représentant la diversité de l’espèce végétale aux analyses des résultats GWAS. Sur la base des 48 articles publiés, nous avons analysé l'impact de chaque étape clé sur la puissance de GWAS et présenté plusieurs méthodes GWAS adaptées à tous les types de virus mais peu voire pas utilisées jusqu’à maintenant.