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Cet article est le résultat d'une collaboration entre l'Institut de Recherche et de Technologie agroalimentaire (IRTA) en Espagne et l'INRAE GAFL. Il fait suite à des travaux conjoints sur le séquençage du génome de l'amandier Texas et le développement d'une puce Axiom 60K SNP amandier. INRAE GAFL et l'IRTA conservent au total dans leurs collections plus de 250 accessions d'amandiers de différentes origines. Nous avons réalisé une analyse de la structure génétique de ce germplasm et mis en évidence l'existence de 5 groupes de races ancestrales. L'un d'entre eux était formé exclusivement par des accessions espagnoles, tandis que les autres étaient formés principalement par des accessions de Chine, d'Italie, de France et des États-Unis. Nous avons également détecté une forte parenté génétique entre les accessions de France et des Etats-Unis. Nos résultats génétiques sont en accord avec les preuves archéologiques et historiques qui séparent la dissémination de l'amande moderne en quatre phases : Asiatique, méditerranéenne, californienne et hémisphère sud. Dans la deuxième partie de cette étude, nous avons réalisé une étude génétique d'association (GWAS) qui, outre les effets additifs, a également pris en compte les effets non additifs, comme les interactions dominant-récessif ou surdominant. Les caractères étudiés étaient le poids des amandes et des coques, les pourcentages de rendement au cassage et d’amandons doubles, la date de floraison. Grâce à une analyse des gènes candidats, nous avons pu proposer un gène candidat responsable du principal QTL trouvé dans le pourcentage de rendement au cassage, 2 gènes candidats pour les deux QTLs trouvés dans le pourcentage d’amandons doubles et un gène candidat pour le QTL trouvé dans la date de floraison. Notre étude améliore notre connaissance de l'histoire de la dissémination des amandiers et sera très utile pour la création variétale des amandiers.