ArchiGenet (2024-2025)

La lutte contre les agents pathogènes des plantes requiert l’identification de résistances génétiques à la fois efficaces et durables. Afin de répondre à l’enjeu de la durabilité, il est crucial (i) d’identifier les sources de résistance disponibles (résistances totales, partielles, tolérances), et (ii) de mettre en place des stratégies de déploiement de ces résistances au champ (mélanges variétaux, rotations) engendrant des coûts d’adaptation chez l’agent pathogène, afin d’empêcher son adaptation à l’ensemble des résistances déployées. Décrypter l'architecture génétique des interactions plantes-agents pathogènes est ainsi indispensable pour une gestion durable des maladies des plantes. L’architecture génétique correspond à l’ensemble des gènes des deux organismes codant des phénotypes d’intérêt, leur nombre, leur localisation et leurs effets. Alors que l’essor du séquençage haut-débit permet aujourd’hui d’acquérir aisément les données génotypiques de la plante et de l’agent pathogène, les études portant sur l’architecture génétique des interactions plantes-agents pathogènes sont encore très rares. Ce projet vise à caractériser pour la première fois cette architecture génétique chez un pathosystème d’intérêt agronomique, le melon - Watermelon mosaic virus. Un premier volet d’optimisation méthodologique permettra de développer une méthode de quantification de la charge virale à la fois fiable et réalisable en haut-débit. Un second volet portera sur la caractérisation de l’architecture génétique via une approche innovante : la co-GWAS (Genome-Wide Association Study) expérimentale.