Projet NLRome (2022 - 2026)

La plus grande famille de gènes de résistance aux agents pathogènes et aux ravageurs est formée par les gènes de la famille NLR. Néanmoins, le rôle spécifique de chaque NLR reste largement méconnu. En effet, le séquençage/assemblage/annotation des génomes n'ont pas été satisfaisants avec les technologies à lecture courte du fait de la structure et de l'organisation de ces gènes. L'enjeu scientifique est de décrire complètement le NLRome d'une espèce, le melon, de comprendre son rôle dans l'expression de l'immunité à de nombreux ravageurs et pathogènes et d'explorer les possibilités de recombinaison dans des clusters de gènes NLR complexes. Le phénotype (résistance/sensibilité à plusieurs pathogènes) seront acquis par INRAE GAFL & Pathologie Végétale et un consortium de partenaires privés. Le séquençage sélectif NLRome sera réalisé sur environ 150 lignées en collaboration avec l'US EPGV par la technique en temps réel ONT Nanopore qui combine l'appel de base et l'alignement de base pour cibler les régions génomiques ; une référence NLRome sera construite. Des études d'association génétique seront menées entre la variabilité phénotypique et la variabilité NLRome sur les 150 lignées.