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Recherche : Diversité génétique et fonctionnelle du NLRome/résistome chez le melon

Les gènes de résistance « Nucleotide-binding-site-leucine-rich-repeat » (NLR) sont la famille la plus importante et l'une des plus variables des gènes de résistance chez les plantes. La caractérisation de leur collection complète dans une espèce (NLRome) faciliterait la création de variétés à très large spectre de résistance. Cependant, malgré les connaissances accumulées, le rôle spécifique de chaque gène NLR reste largement méconnu chez le melon. Cette méconnaissance est liée à un séquençage/assemblage/annotation qui n'ont pas été satisfaisants avec les technologies short reads en raison de la structure et de l'organisation complexes de ces gènes, souvent disposés en clusters qui incluent un niveau élevé de polymorphismes présence-absence. Pour résoudre ce problème, Nanopore Adaptive Sampling (NAS) est une approche rentable et efficace qui génère des long reads et séquence sélectivement des régions cibles prédéfinies.

Notre projet poursuit l’utilisation de NAS pour décrire complètement le NLRome du melon, pour comprendre le rôle dans l’expression de l’immunité face un large cortège de ravageurs et pathogènes et pour explorer les possibilités de recombinaison dans un cluster de NLR complexe. Pour atteindre cet objectif, des études d'association génétique seront réalisées en combinant le phénotype de plusieurs centaines d'accessions avec les données génomiques générées par NAS.

Directrice et Co-Directrice :

Nathalie Boissot (INRAE GAFL, Avignon, France) et Patricia Faivre-Rampant (INRAE EPGV, Evry, France)

Formation :

2022-présent : Thèse en biologie et génomique, Ecole Doctorale Sciences & agrociences (ED536) : Avignon Université – Avignon, France

2021-2022 : Master 2 : Master en Plant Breeding : Universitat Politècnica de València (UPV) - Valencia, Espagne

2020-2021 : Master 1 : Master de Sciences et Technologies, de l’Agriculture, de l’Alimentation et de l’Environnement : Institut Polytechnique Unilasalle – Beauvais, France

2016-2020 : Licence – Biotechnologie, spécialisation en Biotechnologie Végétale : Universitat Politècnica de València (UPV) - Valencia, Espagne

Carrière :

Mars 2022 – août 2022 : Stage (Master 2) assistant de recherche en amélioration génétique des plantes : “Search for QTLs involved in the nitrogen stress response in tomato using a segregating MAGIC population”. INRAE GAFL – Avignon, France. Maître de stage : Mathilde Causse 

Mai 2021 – août 2021 : Stage (Master 1) assistant sélectionneur seigle hybride. KWS – Wohlde, Allemagne.

Octobre 2019 – juin 2020 : Stage (licence) assistant de recherche en amélioration des plantes : "Evaluation de l'effet de la mycorhization chez l'aubergine et le poivron soumis à un stress abiotique". COMAV UPV – Valencia, Espagne