Nos questions de recherche :

• Quelles sont les traces génétiques de la domestication au niveau intra-spécifique?
• Quels sont les gènes affectés par le processus de domestication et le sont-ils au niveau interspécifiques?
• Les espèces étudiées de Solanaceae ont-elles une histoire évolutive similaire de domestication?

1 . Documenter et quantifier les effets de la domestication sur la diversité nucléotidique ;

2. Étudier les modifications de niveau d’expression des gènes induites par ce processus et établir un lien avec la perte ou le gain de diversité nucléotidique ;

3. Proposer des scénarios de domestication chez la tomate en utilisant les derniers développements du domaine en matière de modélisation.

  stephanie.arnoux@avignon.inra.fr

ETUDES

Janvier 2016 : Retenue pour faire partie de la 5ème promotion de L’École Internationale de Recherche Agreenium : Parcours doctoral d’excellence.

Décembre 2015 : Début d’un Doctorat à l’INRA sur la détection des traces génétiques de la domestication chez trois espèces de Solanaceae la tomate (Solanum lycopersicum), l’aubergine (S. melongena) et le piment (Capsicum spp.) ; affilié à l’Université d’Avignon et des pays de Vaucluse.

2012–2013     Master Recherche en Biologie, Écologie et Environnement, Université Joseph Fourier de Grenoble.

2011-2012     Première année de Master en Biologie Fonctionnelle des Plantes et écologie.  Université de Montpellier 2

2011             Licence en biologie. Université Joseph Fourier de Grenoble. Mention Assez bien

Financements:

• Institut national de la recherche agronomique(INRA).
• Région de Provence Alpes Côte d’Azur (PACA).
  • Marie Curie Career Integration Grants (CIG) – Solanaceae evolution (SOLUTION).
  • Agropolis fondation – Agropolis Resource Centre for Crop Conservation, Adaptation and Diversity (ARCAD) project.

LANGUES

Anglais (parlé couramment) / Français (lange maternelle) / Allemand (niveau B2) / Espagnol (niveau B1)

EXPERIENCE

Décembre 2015 - Début d’un Doctorat au sein de l’INRA Centre de recherche PACA.

•             Etude des conséquences de la domestication sur la diversité et l'expression du génome pour trois espèces de Solanaceae (Tomates, piments et aubergines).

Août 2014 à Juillet 2015 : Technicienne de laboratoire, Groupe Belkhadir Gregor Mendel Institute (Vienne)

•             Etude de la variation naturelle d’Arabidopsis thaliana (Arabette) en réponse à des attaques pathogènes. L’étude a été menée à l’aide d’études d’associations sur plus de 560 accessions aillant différentes provenances mondiales. Cette étude visait à décrire les voies métaboliques répondant aux attaques pathogènes.

Mars à Juillet 2014 : Technicienne de laboratoire, Groupe Tamaru Gregor Mendel Institute (Vienne)

•             Histologie sur des pollens d’Arabidopsis thaliana.

Septembre 2013 à Janvier 2014 : Technicienne de laboratoire, Groupe Nordborg  Gregor Mendel Institute (Vienne)

•             Aide au phénotypage et génotypage via séquençage de seconde génération.

Janvier à Août 2013 : Stagiaire avec Angela Hancock, Groupe Nordborg Gregor Mendel Institute (Vienne)

•             Stage en génétique des populations visant à étudier la variation naturelle au sein d’une population d’Arabidopsis thaliana provenant des îles du Cap Vert où l’environnement y est considéré comme extrêmement difficile pour le développement des plantes.

Mai à Juin 2012 : Stagiaire avec Joerg Wunder, Coupland Group Max Planck Insitute (Cologne)

•             Stage en biologie moléculaire sur les différences du gène PEP1 (gène de floraison) selon un gradient latitudinal européen naturel des populations d’Arabis alpina. (Arabette alpine)

Mai à Juillet 2011 : Stage avec Joerg Wunder,  Alpine Garden of Lautaret (French Alps)

•             Stage en écologie visant à phénotyper des plantes d’Arabis alpina provenant de différentes populations européennes. Le but ce projet étant d’observer les différences phénotypiques.

FORMATIONS

-  EMBO Practical Course on Computational Molecular Evolution | 8 – 19 May 2016 | Heraklion, Greece    Lien

-  EIR-A PhD program meetings on Sustainable and Efficient Food Systems: Food, Water and Energy Nexus | 4 – 8 April 2016 | Montpellier, France    Lien

 -  Genotoul Practical Course on Unix, Cluster, Aligning SGS reads & SNP calling and RNAseq data analysis | 14 – 18 Mars 2016 | Toulouse, France    Lien

Publications/chapitres/poster

- Mérai Z, Chumak N, García-Aguilar M, et al. The AAA-ATPase molecular chaperone Cdc48/p97 disassembles sumoylated centromeres, decondenses heterochromatin, and activates ribosomal RNA genes. Proc Natl Acad Sci. 2014;111(45):16166-16171.    Lien

- Farlow A, Long H, Arnoux S, et al. The spontaneous mutation rate in the fission yeast Schizosaccharomyces pombe. Genetics. 2015;201(2):737-744. doi:10.1534/genetics.115.177329.   Lien