Fonctions - Thématique de Recherche

Je fais partie du groupe de recherche Résistance Durable chez les Solanacées (RDS) qui étudie les interactions plantes-pathogènes chez les Solanacées. L’équipe se focalise sur la découverte des déterminants moléculaires et fonctionnels de l’interaction et la compréhension de la co-évolution de ceux-ci chez les pathogènes et leurs hôtes. Le but étant de prédire les risques de contournement des résistances par les pathogènes et de proposer des stratégies afin d’améliorer la durabilité des résistances.

Mon projet de thèse s’inscrit dans cette thématique de la durabilité des résistances avec un focus sur l’interaction entre les Phytophthora spp. et les Solanacées. Je me concentre sur l’interaction entre Phytophthora infestans et la tomate et celle de Phytophthora capsici avec le piment.

Les Phytophthora spp. sont responsables de dégâts considérables sur de nombreuses cultures d’intérêt agronomique. La propagation explosive de ces Phytophthora et les limitations d’utilisation des produits phytosanitaires efficaces sont des raisons pour lesquelles leur gestion en champ par des méthodes agronomiques est très difficile.

Leur évolution rapide est une autre caractéristique qui fait que ces agents pathogènes sont très dangereux. Chez la tomate, la plupart des gènes majeurs de résistance déployée a été contournée en quelques années. Chez le piment, des résistances quantitatives ont été identifiées mais il n’y a pas encore d’information sur leur potentielle durabilité.

Dans le but d’identifier des nouvelles sources de résistances a priori plus durables, j’étudie les gènes codant pour les protéines du pathogène qui lui permettent de détourner les ressources de la plante et de contourner les résistances : les effecteurs.

Pour ce faire, j’utilise l’approche effectoromique qui se développe en trois parties :

-          Une première étape de bio-informatique permet de filtrer les effecteurs sur différents critères avec des jeux de données transcriptomique et/ou de reséquençage génomique.

-          La deuxième étape consiste en l’expression transitoire in planta des candidats dans un pool de génotypes diverses à la recherche de géniteurs reconnaissant ces effecteurs.

-          Enfin, nous rechercherons les génotypes pour qui lesquels la reconnaissance s’associe à une résistance face aux isolats de Phytophthora qui possèdent le/les effecteur(s) reconnus. 

 Questions de recherches associées :

. Est-ce que les effecteurs reconnus chez le piment sont aussi reconnus chez la tomate et inversement ?

. Est-ce que la reconnaissance est associée à de la résistance à la maladie ?

. Est-ce que les récepteurs de plantes qui reconnaissent les effecteurs exprimés, conservés et non-redondants montrent un spectre de résistance plus étendu que ceux qui reconnaissent les effecteurs non-conservés ?

 Objectifs :

. Répertorier les effecteurs conservés chez les isolats de P. infestans et P. capsici en utilisant des données transcriptomiques et de reséquençage génomique,

. Sélectionner les effecteurs conservés qui sont exprimés par l’analyse de l’expression des gènes de P. infestans et P. capsici pendant l’interaction avec  leur plante hôte,

. Identifier les effecteurs exprimés, conservés et non redondants reconnues par expression transitoire in planta dans notre collection de piment et de tomate.

Compétences scientifiques et techniques : Bioinformatique, genomique, analyse statistique de donnée transcriptomique, tests pathologiques, expression transitoire in planta, clonage, effectoromique

Formation et Carrière

Stages :

Stage Master 2 (6 mois), INRA, GAFL, Avignon, FRANCE

Variabilité fonctionnelle des genes du déterminisme du sexe chez les cucurbitacées.(Référentes: Catherine Dogimont, catherine.dogimont@paca.inra.fr)

Stage Master 1 internship (4 mois), IRD, DIADE, Montpellier, FRANCE

                Caractérisation de genes de résistance du riz au virus de la panachure jaune, RYMV. (Référentes : Laurence Albar, laurence.albar@ird.fr)

Stage DUETI (6 semaines), Université Laval, Centre d’étude de la forêt, QUEBEC

                Identifier des spores de champignons endomycorhizines par analyse d’alignements de séquences du gène de la phosphate transférase. (Référent : Serge Sokolski, serge.sokolski.1@ulaval.ca)

Stage DUT (2 mois), Université Laval, Faculté des sciences de l’agriculture et de l’alimentation, QUEBEC

                         Évaluation de l’effet d’une alimentation pauvre en phosphore sur le développement de différents tissus osseux des truites arc en ciel d’élevages. (Référent : Grant Vandenberg, grant.vandenberg@fsaa.ulaval.ca)

Formation :

Master 2 en Biotechnologie des Plantes Tropicales, Faculté des Sciences de l’Université de Montpellier II, FRANCE

Master 1 en Biologie des Plantes, Faculté des Sciences de l’Université de Montpellier II, FRANCE

Diplôme Universitaire d’Études Technologique Internationale (DUETI) / Certificat Universitaire en Biotechnologie / Technique de Laboratoire en Biotechnologie,  Cégep Lévis-Lauzon, QUEBEC

 DUT Génie Biologique option Environnement  (L1+L2 equivalent), I.U.T de Saint Pierre, La réunion, FRANCE (4^th semestre complété en échange international avec la technique de laboratoire en biotechnologie du Cégep Lévis-Lauzon, QUEBEC)

Publications/chapitres/poster

Communications scientifiques :

 La 8^ème rencontre Effectome, Lauret, FRANCE (2015): RNA-Seq study of host resistance and isolate aggressiveness on gene expression in Phytophthora capsici. [Présentation orale + résumé], 16-18 Septembre

La 12^ème conférence Solanaceae (SOL2015), Bordeaux FRANCE (2015). Toward a characterization of the pepper host resistance effect on the gene expression of the pathogenic Phytophthora capsici. [Présentation orale + résumé], 25-29 Octobre

La 16^ème rencontre Teachers/Researchers “Comment s’organiser pour une agriculture durable ?”, INRA, Saint Paul Center (2016). Genetic resistances. [Presentation orale + Organisation de la journée], 27 Mai

La XVIème conférence EUCARPIA Capsicum and EggPlant Working Group, Kecskemét, HONGRIE (2016): A transcriptomic study of the interaction between pepper and Phytophthora capsici. [Poster + Article de participation + résumé], 11-14 Septembre