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« Sélection variétale pour la résistance à plusieurs virus chez le concombre : de la sélection génomique à la génomique comparative des répertoires de gènes associés aux résistances oligogéniques. »

L'architecture génétique de la résistance chez les Cucurbitacées ne correspond pas souvent au modèle canonique du gène R unique et dominant, et divers exemples de résistances oligogéniques sont connus. Cependant, le nombre de gènes codant pour la résistance aux maladies, en particulier les gènes R, est systématiquement plus faible chez les Cucurbitacées que chez les autres espèces, potentiellement car une grande partie des gènes R sont regroupés dans des hotspots de variabilité allélique et de variabilité du nombre de copie. Un exemple bien connu est le locus Vat chez le melon, qui confère une résistance large spectre au puceron Aphis gossypii, en plus d’une résistance race-spécifique à l'oïdium.

Identifier un marqueur unique permettant de sélectionner des caractères oligogéniques chez différents types de concombres représente un challenge technique. Les statistiques et la modélisation sont vraisemblablement une bonne alternative pour prendre en compte la complexité biologique. Notamment, les études de génétique d’association (GWAS) se sont démontrées efficaces pour identifier les locus expliquant la variabilité phénotypique.

La sélection génomique (SG) a été adoptée en sélection animale et chez les grandes cultures telles que le maïs afin de prédire la performance phénotypique d'un individu en utilisant uniquement des données génotypiques. Néanmoins, les modèles de SG supposent souvent que l'architecture génétique du caractère d'intérêt implique de nombreux QTL avec de petits effets individuels, ce qui ne correspond pas à l'architecture génétique connue des caractères de résistance aux virus du concombre. Récemment, des modèles alternatifs ont été proposés pour traiter des caractères à déterminisme plutôt oligogénique, il serait donc très intéressant de les tester et de comparer leur efficacité à d'autres approches de SAM.

Le projet de thèse a pour objectifs de proposer une méthode de prédiction génomique pour la résistance à plusieurs virus chez le concombre et mieux comprendre les spécificités de la résistance virale chez les Cucurbitacées.

Nous proposons de :

(1) Définir des panels de référence et identifier les locus impliqués dans la résistance à plusieurs virus via GWAS chez C. sativus et A. thaliana

(2) Développer des modèles de sélection génomique pour la résistance à plusieurs virus chez C. sativus et comparer le gain génétique des modèles de SG face à d'autres approches de SAM

(3) Etudier les répertoires de gènes impliqués dans la résistance aux virus, phloémophages ou non, chez C. sativus et A. thaliana

Domaine de compétences : Génétique quantitative, pathologie, biostatistique, bioinformatique

Formation et Carrière

2011-2014 : Classe préparatoire BCPST, Lycée Marcelin Berthelot

2014-2017 : Ecole Nationale Supérieure d’Agronomie de Montpellier SupAgro, spécialisation Amélioration des Plantes et Ingénierie des plantes Méditerranéennes et Tropicales (APIMET).

-          Effet de l’apparentement sur la production de biomasse et d’azote dans le grain dans une population de blé dur, UMR AGAP, Montpellier, Hélène Fréville et Pierre Roumet

-          Caractérisation et évaluation des variétés Cucurbitacées en phase précommerciale, Sakata Seeds, Nîmes, Elodie Anton

-          Comprendre l’organisation d’un hot-spot de gènes de résistance aux virus chez le concombre en vue du développement de marqueurs de sélection, De Ruiter Seeds, Rotterdam, Mélissa Cantet

2018 : Squash Junior prebreeder, Enza Zaden

2019-2022 : Thèse au sein de l’unité GAFL, équipe REDD, bourse CIFRE Bayer

Directeurs : Nathalie Boissot et Mélissa Cantet

Collaborateurs : Valérie Schurdi-Levraud, Tristan Mary-Huard et Laurence Moreau.