GWAS et sélection génomique chez l'Abricotier

L’amélioration génétique de l’abricotier repose sur la création de variétés cumulant des performances agronomiques d’intérêt telles que la régularité de la production, la résistance aux maladies ainsi que la qualité des fruits. L’élargissement de la gamme variétale et l’allongement du calendrier de production présentent également des objectifs clés de la sélection. Pour répondre à ces enjeux, l’optimisation des méthodes conventionnelles de sélection par le biais de la sélection génomique s’avère être une nécessité. Il s’agit d’une méthode de sélection qui a connu un essor considérable et qui a fait ses preuves chez maintes espèces animales et végétales.

La sélection génomique s’appuie sur l’information moléculaire fournie par les marqueurs pour estimer les valeurs génétiques des candidats à la sélection. Elle est fondée sur des modèles statistiques permettant d’estimer les effets d’un grand nombre de marqueurs couvrant tout le génome. Outre l’augmentation du gain génétique,  L’intérêt de l’intégration de la sélection génomique  dans les schémas de sélection réside dans le raccourcissement des cycles de sélection grâce à l’évaluation des performances des candidats à un stade de développement précoce. Cette approche de sélection permet également de s’affranchir au phénotypage qui présente une opération coûteuse et consommatrice de temps.

C’est dans cette optique que s’inscrit ma thèse dont l’objectif consiste à évaluer la pertinence de la mise en œuvre de la prédiction génomique chez l’abricotier en vue de l’amélioration de caractères liés à la phénologie, la résistance au chancre et la qualité des fruits. Ainsi, je vise à étudier les facteurs contrôlant l’efficacité de la sélection génomique tels que l’héritabilité, l’effectif et la composition de la population d’entraînement, la densité du marquage moléculaire et les modèles prédictifs.

Dans un premier temps, je vise à évaluer la prédiction génomique dans une population biparentale puis à extrapoler les prédictions dans une population génétiquement structurée et intégrant une diversité génétique plus large.

Objectifs :

• Evaluation de la mise en place de la sélection génomique chez l’abricotier pour l’amélioration des caractères d’intérêt agronomique tels que la qualité des fruits, la résistance au chancre bactérien et la phénologie
• Optimisation de la stratégie de la sélection génomique par le biais de l’étude des facteurs pouvant contrôler la précision de la prédiction
• Etude de l’architecture génétique des caractères cibles chez l’abricotier

Domaines de compétences :

Génétique quantitative, modélisation, biostatistique, bioinformatique, génomique et agronomie

Formation :

2011 - 2013 : Etudes préparatoires en biologie et géologie

Faculté des sciences mathématiques, physiques et naturelles de Tunis (Tunisie)

2013 - 2016 : Diplôme d’ingénieur en amélioration des plantes et biotechnologies végétales

Institut National Agronomique de Tunisie (INAT)

2016 - 2017 : Master international « Sciences et technologie de l'agriculture, de l'alimentation et de l'environnement »

Parcours Sélection et évolution des plantes méditerranéennes et tropicales (SEPMET)

Institut national d'études supérieures agronomiques de Montpellier (Montpellier SupAgro)

2017 – 2020 : Thèse au sein de l’unité Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes, directeurs : Jean-Luc Regnard, Jean-Marc Audergon et Christopher Sauvage

« GWAS et sélection génomique chez l'Abricotier »

Expériences :

• Optimisation des protocoles de la culture in vitro des plantes aromatiques et médicinales
• Contribution à la connaissance des activités biologiques et investigation phytochimique des extraits bruts du corossolier Annona muricata
• Sélection génomique – Quelles perspectives chez les Prunus : Exemple de l’abricotier en adossement au projet FruitSelGen