Thématique de Recherche

La sélection de variétés résistantes est un objectif majeur de la création variétale pour de nombreuses espèces cultivées et prend de l’ampleur dans le contexte actuel de réduction des intrants coûteux, polluants et dangereux pour la santé que sont les pesticides. La principale limite de la lutte génétique est la capacité des agents pathogènes ciblés à s’adapter aux variétés résistantes. Ainsi, plusieurs gènes majeurs de résistance sont devenus inefficaces après quelques années de culture seulement. Ces gènes majeurs empêchent totalement le développement de l’épidémie mais sont rares dans les ressources génétiques. Aussi, les pratiques de sélection des plantes, qui ont toujours privilégié l’efficacité de la protection, doivent maintenant prendre en compte sa durabilité, afin de ne pas épuiser les ressources génétiques. Les gènes de résistance partielle ou quantitative (qui réduisent les dégâts dus aux épidémies) sont beaucoup plus fréquents dans les collections variétales et peuvent être combinés dans une même variété afin d’aboutir à de très hauts niveaux de protection de la culture. Ces résistances polygéniques sont aussi réputées plus durables mais peu d’informations sont disponibles sur la capacité des agents pathogènes à s’adapter à de telles résistances quantitatives. Pourtant, l’enjeu de la durabilitédeviendra accessible si l’on déploie des gènes de résistance en fonction non seulement de leur capacité à réduire les populations pathogènes mais aussi à orienter et contrôler leur évolution dans l’agrosystème.

 L’objectif du projet est de caractériser les facteurs de résistance partielle disponibles dans les ressources génétiques de la plante pour leur aptitude à orienter et/ou à freiner l’évolution de populations pathogènes, et réciproquement, de caractériser les facteurs génétiques du pathogène déterminant sa compétitivité et son agressivité et leur variation en réponse à la sélection par différents génotypes de plante. Les approches suivantes sont proposées sur le couple Piment/PVY (virus Y de la Pomme de Terre) :

            - Analyse des effets de facteurs de résistance quantitative (QTL) sur la population de bioagresseur en terme de pression de sélection mais aussi de dérive génétique. Les mécanismes d’adaptation du virus à différents QTL de résistance de l’hôte sont analysés par une approche de génétique quantitative des modifications de la pathogénicité et d’étude des interactions QTL de résistance x QTL de pathogénicité.

            - Une exploration élargie des ressources génétiques de l’hôte est proposée en recherchant, au sein de core-collection, les génotypes de plantes et les QTL contrôlant des effets de sélection différentielle et de dérive génétique au sein des populations virales, et dont le déploiement doit permettre une protection durable d’après les résultats de modélisation de l’évolution des populations virales. L’ambition étant de mettre sous contrôle cette évolution.

Ce projet de thèse est intégré au metaprogramme SMaCH, projet « Take Control », dont l’objectif est de modéliser la dynamique d’évolution de populations pathogènes soumises aux résistances quantitatives de l’hôte afin de concevoir à la fois les génotypes de plantes et les stratégies de déploiement maximisant la durabilité de la protection aux échelles paysage et pluriannuel.

Formation et Carrière :

2014-2017 : Thèse à l’INRA d’Avignon, Unités GAFL et Pathologie Végétale

 2013-2014 : Master 2 Biologie Evolutive et Ecologie, Université Montpellier 2

-          Stage M2 : Impact des communautés bactériennes sur le succès d'invasion de la souris domestique au Sénégal, Centre de Biologie pour la Gestion des Populations de Montpellier

2012-2013 : Master 1 Science de la Vie et de la Santé, Spécialité Biologie et Santé de l'Environnement, Université Nice Sophia Antipolis

-          Stage M1 : Effet de la consanguinité chez l'auxiliaire des cultures Allotropa burrelli, INRA de Sophia Antipolis

 2009-2012 : Licence Science de la Vie et de la Santé, Spécialité Biologie des Organismes et des Ecosystèmes, Université Nice Sophia Antipolis

Communications scientifiques :

- 13^th International Plant Virus Epidemiology Symposium, présentation orale, Avignon du 6 au 10 juin 2016

- XVIth EUCARPIA Capsicum and Eggplant Working Group Meeting, présentation orale, Kecskemét (Hongrie) du 12 au 14 septembre 2016

- Les Rencontres de Virologie Végétale, présentation orale, Aussois du 15 au 17 janvier 2017