OFFRE DE STAGE DE MASTER 2 2026 - Attractivité des pollinisateurs chez le melon

Caractérisation des régions génomiques impliquées dans l'attractivité des pollinisateurs chez le melon

Pour plus de 80% des espèces cultivées en Europe, la pollinisation nécessite l’intervention d’insectes pollinisateurs. Le fort déclin des pollinisateurs constitue une menace tant pour l’équilibre environnemental et la biodiversité que pour la production agricole, les rendements et la régularité de production. Pour répondre aux enjeux de la transition agroécologique de l’agriculture, nous proposons de mieux prendre en compte les besoins alimentaires des pollinisateurs et d’évaluer les traits d’attractivité des pollinisateurs chez les plantes cultivées. La forme des fleurs, leur couleur et leur parfum, la disponibilité du nectar et du pollen, qui constituent les ressources alimentaires essentielles des pollinisateurs, sont autant de caractères susceptibles de contribuer à l’attractivité des plantes pour les pollinisateurs (Slavkovic et al., 2024).

Le projet porte sur le melon, une espèce à reproduction strictement entomophile et modèle pour l’étude du système de reproduction chez les plantes (Boualem et al. 2022 ; Rachid et al. 2023). Le Centre de Ressources biologiques de l’unité possède plus de 2700 accessions de melon représentatives de la diversité de l’espèce au niveau mondial (Salinier et al. 2019). Nous avons constitué une core collection de 160 accessions, qui ont été reséquencées en short reads Illumina. Le phénotypage de cette collection pour une diversité de traits permettra de détecter les régions génomiques impliquées dans l’attractivité des pollinisateurs, par une approche d’association à l’échelle du génome (GWAS).

Le projet vise à explorer la diversité d’une core collection de melon pour les caractères liés à l’attractivité des pollinisateurs.

Les objectifs du stage sont de :

• caractériser la diversité et la structure de la core collection
• analyser la variabilité génétique d’un ensemble de caractères déjà phénotypés
• identifier les régions génomiques impliquées dans ces caractères par différents modèles de GWAS
• évaluer l’effet du type sexuel sur les traits d’attractivité des pollinisateurs
• phénotyper des caractères liés à l’attractivité des pollinisateurs

Les méthodes mises en œuvre sont :

•  l’analyse bioinformatique des données génomiques, l’association des variants avec les caractères phénotypiques, en utilisant des pipelines disponibles dans l’unité
•  l’évaluation phénotypique de caractères associés à l’attractivité des fleurs pour les pollinisateurs

UNITE D’ACCUEIL :

L’unité Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes regroupe 22 chercheurs et ingénieurs, 25 techniciens et administratifs et 19 doctorants, post-doctorants et CDD. Le centre PACA bénéficie d’importantes installations expérimentales permettant la création de matériel génétique et le phénotypage de celui-ci et de laboratoires performants de biologie cellulaire et moléculaire.

ACTIVITES DOMINANTES :

• Bioinformatique et statistiques, en lien avec l’équipe I2B (Informatique, Bioinformatique, Biostatistiques) de l’unité, pour l’analyse des génomes et la détection de régions impliquées dans les caractères phénotypés
• Phénotypage de caractères liés à l’attractivité des pollinisateurs

PROFIL REQUIS :

• Dernière année de Formation Supérieure BAC + 5
• Connaissances : Génétique quantitative, bioinformatique
• Compétences opérationnelles : analyses statistiques sous R, rigueur des mesures phénotypiques 
• Goût pour : la génomique, la diversité génétique des plantes, l’agroécologie et la pollinisation par les insectes
• Savoir-être : goût pour le travail sur le mode collaboratif
• Langues : Français, anglais

INDEMNISATION : environ 600 € / mois.

CONTACTS DES RESPONSABLES DE STAGE :

Filip Slavkovic, Chargé de Recherche INRAE et Catherine Dogimont, Directrice de Recherche INRAE

Adresse : INRAE, Centre de Recherche Provence Alpes Côtes d’Azur, UR 1052, Génétique et Amélioration des Fruits et Légumes (GAFL), Domaine St Maurice, 67, allée des Chênes CS 60094, 84143 Montfavet cedex

email : filip.slavkovic@inrae.fr; catherine.dogimont@inrae.fr

Références :

Boualem et al., 2022. Ethylene plays a dual role in sex determination and fruit shape in cucurbits. Current Biology, 32 : 2390-2401.e4. DOI: 10.1016/j.cub.2022.04.031 (hal-03815404v1)

Rashid D et al., 2023. Ethylene produced in carpel primordia controls CmHB40 expression to inhibit stamen development. Nature Plants 9, 1675–1687. DOI10.1038/s41477-023-01511-z (hal-04225267v1)

Salinier et al., 2022. The INRAE Centre for Vegetable Germplasm: Geographically and Phenotypically Diverse Collections and Their Use in Genetics and Plant Breeding. Plants 11(3), 347. DOI: 10.3390/plants11030347 (hal-03551518v1)

Slavković F et al., 2024. Phenotyping floral attractiveness to pollinators using volatilomics, 3D-imaging and insect monitoring. Molecular Plant, doi.org/10.1016/j.molp.2024.06.011 (hal-04701278 v1)