Intégration des modélisations écophysiologiques et génétiques pour identifier de nouvelles cibles d'amélioration de la tomate et son adaptation au stress hydrique

La tomate, culture maraichère irriguée, est particulièrement vulnérable aux pénuries d’eau. Face à l’augmentation des événements climatiques extrêmes, intégrer la tolérance à la sécheresse dans les programmes de sélection variétale devient une priorité. Cependant, les critères classiques de sélection, tels que le rendement et la qualité des fruits, sont influencés par de nombreux facteurs environnementaux tout au long du cycle de culture, ce qui complique l’analyse de la réponse des plantes au stress hydrique, d’autant plus qu’elle varie selon les génotypes. Jusqu’à présent, les approches se sont focalisées soit sur la dissection génétique de traits agronomiques mesurés sous stress sur une diversité génétique, soit sur l’étude du fonctionnement physiologique d’un génotype unique dans différentes conditions. Nous proposons une approche intégrative combinant ces deux perspectives, en nous appuyant sur un modèle écophysiologique pour dériver des traits physiologiques liés à la tolérance à la sécheresse. Nous faisons l’hypothèse que ces traits sont sous un contrôle génétique relativement simple, ce qui permettrait d’en analyser l’architecture génétique et d’identifier des gènes candidats pertinents pour la sélection. Pour ce faire, nous avons phénotypé une collection principale composée de 145 accessions génétiquement diversifiées de tomates cerises, cultivées sous serre semi-contrôlée, en conditions normales et de stress hydrique. Nous avons identifié des traits physiologiques présentant à la fois une variabilité génétique significative et une réponse différenciée à la sécheresse. En croisant ces données avec des informations de reséquençage du génome entier (6 millions de SNP), nous mènerons des analyses d’association génomique (GWAS) et des prédictions génomiques afin de décrypter la base génétique de ces traits. À terme, cette approche multidisciplinaire ouvre la voie au développement de nouveaux idéotypes de tomates mieux adaptés aux contraintes hydriques futures.