Développement d’un panel de séquençage d’amplicons adaptés aux croisements interspécifiques chez la tomate

Lors de mon stage, mon travail a consisté à développer un outil de génotypage pour détecter les polymorphismes dans une descendance F2 issue du croisement entre la variété commerciale Rose de Berne (Solanum lycopersicum) et l’accession sauvage (Solanum cheesmaniae) face à Botrytis cinerea, un bioagresseur majeur de la tomate.

Un panel de 384 amplicons a été déterminé et les 96 premiers ont été testés expérimentalement. Des tests ont été fait afin d’optimiser les protocoles de PCR multiplex et les étapes de purification des produits amplifiés. Des données ont été obtenues à partir des 182 individus F2. Ces données ont permis de générer une carte génétique et de faire une recherche de QTL de résistance face à B. cinerea.