5 years in Provence : an emerging tomato leaf curl New Delhi virus in French cucurbits

5 years in Provence : an emerging tomato leaf curl New Delhi virus in French cucurbits

Abstract

Tomato leaf curl New Delhi virus (ToLCNDV; Begomovirus solanumdelhiense) is an emerging pathogen affecting cucurbit crops across the Mediterranean basin. The Mediterranean strain exhibits high genetic uniformity compared with Asian isolates, suggesting a monophyletic origin. In France, ToLCNDV was first detected in southeastern cucurbit crops in autumn 2020 (Desbiez, C. et al. 2021) and, despite the absence of reports in 2021, has re-emerged annually from 2022 to 2025 in both cultivated crops and wild weeds, indicating local persistence or repeated introductions. Whole-genome sequencing of French isolates using Sanger and Cider-Seq, analyzed via Genome Detective (Golyaev, V. et al. 2025), confirmed their classification within the Mediterranean clade. Sequence analysis revealed two DNA-A and four DNA-B molecular groups, with the “A1+B1” and “A2+B2” combinations consistently present since 2020 and additional combinations emerging from 2022. Biological characterization identified a novel “Recover” phenotype associated with A1+B1, whereas A2+B2 induces severe symptoms. Wild perennial cucurbits, including bryony (Bryonia dioica) and squirting cucumber (Ecballium elaterium), act as reservoirs, enabling overwintering and whitefly-mediated (Bemisia tabaci) transmission between melon and bryony. Frequent mixed infections suggest a role in viral evolution via recombination or re-assortment.

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5 ans en Provence : émergence du tomato leaf curl New Delhi virus chez les cucurbitacées en France

Résumé

Le Tomato leaf curl New Delhi virus (ToLCNDV ; Begomovirus solanumdelhiense) est un agent pathogène émergent affectant les cultures de cucurbitacées à travers le bassin méditerranéen. La souche méditerranéenne présente une grande uniformité génétique par rapport aux isolats asiatiques, suggérant une origine monophylétique. En France, le ToLCNDV a été détecté pour la première fois dans des cultures de cucurbitacées du sud-est à l’automne 2020 (Desbiez, C. et al., 2021) et, malgré l’absence de signalements en 2021, il est réapparu chaque année de 2022 à 2025 dans les cultures cultivées et les adventices, indiquant soit une persistance locale, soit des introductions répétées. Le séquençage complet du génome des isolats français, réalisé par les méthodes Sanger et Cider-Seq et analysé via Genome Detective (Golyaev, V. et al., 2025), a confirmé leur classification au sein de la lignée méditerranéenne. L’analyse des séquences a révélé deux groupes moléculaires pour l’ADN-A et quatre pour l’ADN-B, les combinaisons « A1+B1 » et « A2+B2 » étant présentes de manière constante depuis 2020, tandis que d’autres combinaisons sont apparues à partir de 2022. La caractérisation biologique a identifié un nouveau phénotype « Recover » associé à A1+B1, tandis que A2+B2 provoque des symptômes sévères. Des cucurbitacées sauvages pérennes, telles que la bryone (Bryonia dioica) et le concombre d’âne (Ecballium elaterium), agissent comme réservoirs, permettant la survie hivernale et la transmission par la mouche blanche (Bemisia tabaci) entre melon et bryone. La fréquence des infections mixtes suggère un rôle dans l’évolution virale via la recombinaison ou le réassortiment.

Reference

Desbiez, C., Gentit, P., Cousseau-Suhard, P., Renaudin., I., Verdin, E. 2021. First report of Tomato leaf curl New Delhi virus infecting courgette in France. New Disease Reports 43(2):e12006. Doi: 10.1002/ndr2.12006.

Golyaev, V., Dierickx, S., Deforche, K., Dumon, W., Vanderschuren, H. 2025. A method for in-depth analysis of circular DNA virus populations by unambiguously profiling the low abundant virus variants and partial genomic components. Nucleic Acids Research 53:gkaf221. Doi: 10.1093/nar/gkaf221