Développement et validation d’un protocole de quantification à haut débit de la charge virale du WMV par hybridation dot-blot

Le phénotypage à grande échelle de la résistance des plantes aux virus nécessite des méthodes permettant de quantifier la charge virale de manière fiable et à haut débit. Au cours de ce séminaire, je présenterai une méthode de quantification du Watermelon mosaic virus (WMV, Potyvirus citrulli) par hybridation dot-blot, développée dans le cadre de ma thèse et qui fera l’objet d’un premier article actuellement en cours de finalisation. La méthode repose sur une sonde d'acide nucléique marquée à la digoxigénine, ciblant une région conservée du gène de la protéine de capside du WMV, couplée à une détection par chimioluminescence et à une analyse d'image. La capacité de la sonde à détecter la diversité génétique du WMV a d'abord été évaluée in silico, puis validée expérimentalement sur 15 isolats de WMV. La précision de la quantification a ensuite été évaluée à partir d’isolats purifiés de WMV présentant de 0 à 3 mésappariements avec la sonde, à l'aide de gammes de dilution réalisées dans des extraits de melon sain. Les résultats montrent une détection robuste d'isolats génétiquement diversifiés et une forte relation entre concentration virale et intensité du signal, sans biais de quantification lié au nombre de mésappariements dans la gamme testée. Vos remarques et suggestions seront les bienvenues.